يدير الوحدة مجلس إدارة يشكل بقرار من رئيس جامعة جنوب الوادى كل عامين برئاسة عميد المعهد وعضويته :-
↵ من 8 أعضاء هئية التدريس بالمعهد من بينهم رؤساء الأقسام العلمية بالكلية والوكلاء.
↵ أثنين من كبار العاملين بمنطقة كهرباء جنوب الصعيد يرشحهم مجلس الكلية بناءًا على إقتراح مجالس الأقسام العليمة.
↵ أثنين آخرين يرشحهم مجلس إدارة المعهد ولا يجوز إعادة ترشيحهم لأكثر من دورتين متتاليتين.
↵ مجلس الإدارة هو صاحب الولاية فى شئون الوحدة وتصريف أمورها.